【2026年10月から】インボイスなし領収書は7割しか控除できない｜経費精算のルール見直しとアプリでの自動チェック

2026年10月1日から、インボイス制度の「経過措置」が変わります。結論から申し上げると、インボイス（適格請求書）ではない領収書・請求書で払った消費税は、これまで8割まで控除できていたものが、10月からは7割しか控除できなくなります。
 
つまり消費税の3割分を、会社がそのまま負担することになります。
 
しかもこれで終わりではありません。控除できる割合は7割→5割→3割と段階的に縮小し、2031年10月にはゼロになります。「登録番号のない領収書」を今までどおり受け取り続ける会社は、これから毎年少しずつ、確実に損が膨らんでいく構造です。
 
問題は、この損が経理の帳簿ではなく、社員一人ひとりの経費精算の現場で発生することです。社員が受け取ってくる領収書にインボイスの登録番号が入っているかどうかを、誰もチェックしていない会社は少なくありません。
 
この記事では、中小企業（従業員30〜300名）の経営者・経理担当の方に向けて、
 
①2026年10月に何がどう変わるのか ②会社はいくら損するのか ③そもそもインボイスが要らない経費はどれか ④経費ルールをどう変えるべきか ⑤チェックを人力でやらずに済ませる経費精算アプリの選び方、までを順番に整理します。

2026年10月から何が変わる？経過措置のスケジュール

まず用語を整理します。インボイス（適格請求書）とは、登録番号（Tから始まる13桁）・適用税率・税率ごとの消費税額が記載された請求書や領収書のことです。
 
インボイス制度では、原則としてこのインボイスがないと、支払った消費税を自社の納税額から差し引く「仕入税額控除」ができません。
 
ただし、制度開始でいきなり全額控除不可にすると影響が大きすぎるため、インボイスを発行できない相手（免税事業者など）への支払いでも、一定割合までは控除を認める「経過措置」が設けられています。この割合が、2026年10月1日から変わります。

期間	控除できる割合	会社が損する割合
2023年10月〜2026年9月	80%	消費税の2割
2026年10月〜2028年9月	70%	消費税の3割
2028年10月〜2030年9月	50%	消費税の5割
2030年10月〜2031年9月	30%	消費税の7割
2031年10月以降	0%（控除なし）	消費税の全額

このスケジュールは「令和8年度税制改正」で見直されたものです。当初は2026年10月に一気に50%へ下がる予定でしたが、段階が細かくなり、終了時期が2031年9月まで2年延長されました。
 
急激な負担増は避けられた一方で、「縮小しながら最後はゼロになる」という方向は変わっていません。
 
つまり2026年10月は、単発の変更ではなく「インボイスのない領収書が段階的に使えなくなっていく」カウントダウンの始まりです。今のうちに経費の受け取り方を整えた会社と、放置した会社の差は、年を追うごとに開いていきます。

会社はいくら損する？経費精算での試算

抽象的な制度の話を、経費精算の現場の金額に落とします。たとえば、社員たちが個人商店の飲食店・インボイス未登録の駐車場・フリーランスへの支払いなどで、登録番号のない領収書を月に合計11万円（税込・うち消費税1万円）持ってくる会社を考えます。

期間	控除できない消費税（月）	年間の損失
2026年9月まで（8割控除）	2,000円	24,000円
2026年10月から（7割控除）	3,000円	36,000円
2028年10月から（5割控除）	5,000円	60,000円
2030年10月から（3割控除）	7,000円	84,000円
2031年10月から（控除なし）	10,000円	120,000円

月11万円という数字は控えめな想定です。営業担当が多い会社や、出張・接待の多い会社では、インボイスのない経費はこの数倍になることも珍しくありません。「1枚あたり数十円〜数百円の損」が、全社員×毎営業日で積み上がるのがこの問題の性質です。
 
しかも領収書1枚1枚の損は小さいため、決算のときに「消費税の納税額がなんとなく増えた」としか見えません。気づきにくく、指摘する人もいない。だからこそ仕組みで止める必要があります。

影響を受けない会社もあります——先にご確認ください

正直にお伝えすると、この話がほぼ関係ない会社もあります。簡易課税制度を選択している会社（基準期間の課税売上高5,000万円以下で届出済み）は、売上から納税額を計算するため、仕入側のインボイスの有無は納税額に影響しません。
 
ご自身の会社がどちらの計算方式かは、顧問税理士か直近の消費税申告書でご確認ください。本則課税（一般課税）で申告している会社は、以降の内容がそのまま自社の損益に直結します。
 
なお簡易課税の会社でも、電子帳簿保存法への対応として領収書の電子管理は必要なので、後半の経費精算アプリの話は無関係ではありません。

「3割特例」と混同しがち——売り手側の改正も整理

今回の税制改正では「3割」という数字が2つの別の文脈で登場するため、実務では混同がよく起きています。ここで整理しておきます。

改正項目	誰の話か	内容
経過措置の縮小（8割→7割）	買い手（経費を払う側）	インボイスなし仕入れの控除が2026年10月から70%に
2割特例の終了	売り手（小規模事業者）	売上税額の2割納税で済む特例が2026年で終了
3割特例の新設	売り手（個人事業者のみ）	2027年分・2028年分の申告は売上税額の3割納税でよい

3割特例とは、インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった個人事業者向けの負担軽減策で、納税額を売上にかかる消費税の3割に抑えられる経過措置のことです。2割特例の後継にあたりますが、対象は個人事業者のみで、法人は使えません。
 
本記事の主題である「経費の領収書」の話は、上の表の1行目です。自社が買い手として損しないための対応（この記事）と、取引先のフリーランスの方の納税の話（3割特例）は別物——ここを押さえておくと、社内説明や取引先との会話で混乱しません。

そもそもインボイスが要らない経費もある——全部を弾く必要はない

「10月からは登録番号のない領収書を全部却下する」と社内に通達するのは、実はやりすぎです。インボイス制度には、帳簿の記載だけで控除が認められる特例があり、日常の経費でよく出るものがいくつも該当します。
 
ここを知らずに一律で弾くと、社員に無駄な負担をかけることになります。

経費の種類	インボイス	条件・期限
電車・バス・船の運賃	不要	税込3万円未満（公共交通機関特例）
社員に支給する出張旅費・宿泊費・日当	不要	通常必要と認められる範囲（帳簿記載で可）
自動販売機・コインロッカーなど	不要	税込3万円未満
税込1万円未満のあらゆる仕入れ	不要	少額特例。ただし2029年9月30日まで・前々年度の課税売上高1億円以下等の会社のみ
上記以外の経費（飲食・備品・外注など）	必要	なければ経過措置の割合しか控除できない

注意したいのは4行目の少額特例です。対象の会社なら「1万円未満の領収書はインボイスがなくてもよい」ため当面の実務はかなり楽になりますが、これ自体が2029年9月30日で終わる時限措置です。
 
少額特例に甘えてルールづくりを先送りすると、期限が来たときに一気に現場が混乱します。
 
経費ルールとしては、「交通費・出張旅費はこれまでどおり」「それ以外は原則インボイス付きで」という線の引き方が、社員の負担と会社の損失のバランスが取れた現実解です。

経費ルールをどう変える？社内に流す3行ルールと経理側の対応

社員向けのルールは、長く書くほど読まれません。私たちがお客様の規程づくりをお手伝いするときも、現場向けはまず次の3行に絞ることをおすすめしています。そのままコピーしてお使いください。

3行目がポイントです。「インボイスがないと精算しない」というルールにすると、社員が自腹を切ったり、領収書を出さなくなったりして、かえって管理が壊れます。
 
受け取りは拒否せず、会社としては「インボイスあり／なし」を区分して集計できる状態を作る——これが正しい姿です。
 
そのうえで、いつも使う駐車場や飲食店など金額の大きい常連の支払先が未登録だった場合だけ、会社として「登録予定はあるか」を確認したり、同条件のインボイス発行事業者へ切り替えたりする判断をすればよいのです。

経理側は「区分」と「帳簿の記載」が増える

経過措置を使って控除するには、条件があります。区分記載請求書と同じ事項が書かれた請求書等の保存に加えて、帳簿に「80%控除対象」など経過措置の適用を受ける旨を記載する必要があります。
 
2026年10月からは同じ帳簿で「70%控除対象」の区分も並行することになり、期をまたぐ取引は日付での判定も必要です。
 
なお、同じ相手からの課税仕入れが年間1億円を超える部分は経過措置の対象外という大口取引の制限もあります。中小企業の経費精算で該当することはまれですが、特定の免税事業者へ大きな外注を続けている場合は税理士にご確認ください。
 
つまり経理の実務は、①領収書がインボイスかどうかの判定 ②登録番号が本物かの確認 ③適用割合ごとの区分と帳簿記載——と、確実に工数が増えます。これを紙とExcelの経費精算のまま人力でやるのは、正直おすすめできません。次の章が本題です。

経費精算アプリなら何が自動になる？

クラウド経費精算システム（経費精算アプリ）とは、社員がスマートフォンで領収書を撮影して申請し、承認から仕訳・振込データ作成までをクラウド上で完結させる仕組みのことです。インボイス対応の観点では、主要な製品は次の処理を自動化しています。

人力でやる場合	経費精算アプリの場合
領収書の登録番号を目視で探す	スマホ撮影→OCR（文字の自動読み取り）で登録番号を抽出
国税庁のサイトで13桁を1件ずつ照合	国税庁の公表データと自動照合し、有効な番号か判定
インボイスあり／なしを人が区分	適格・非適格を自動でラベル分けし税区分を切り替え
「80%・70%控除対象」を帳簿に手入力	適用割合に応じた仕訳を自動生成し会計ソフトへ連携
紙の領収書をファイリングして7年保存	電子帳簿保存法の要件に沿って電子保存（原本破棄の運用も可）

とくに効くのが2行目です。登録番号は記載されていても、廃業や取消で無効になっていることがあり、本来は国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で照合が必要です。これを月数百枚の領収書で人力運用するのは現実的ではありません。
 
アプリは撮影の瞬間に照合まで済ませます。
 
また、経費精算アプリの導入は電子帳簿保存法対応と同時に片づくという副次効果があります。2024年から電子取引データの電子保存は義務化されており、インボイス対応と保存要件対応を別々のツールでやるより、経費精算アプリで一体化するほうが運用も費用も合理的です。

主なクラウド経費精算システムの比較

中小企業でよく採用される4製品を、インボイス対応の観点で整理します。いずれも登録番号のOCR読み取りと国税庁データとの照合に対応しています（2026年8月時点。詳細な機能・料金は各公式サイトでご確認ください）。

製品	特徴	向いている会社
楽楽精算	国内導入社数が多く承認フローの柔軟性が高い	承認段階が多い50名以上の会社
バクラク経費精算	AI-OCRの読み取り精度と入力の速さに定評	申請枚数が多く現場の手間を最小にしたい会社
freee支出管理	freee会計と一体で仕訳まで自動化	会計もfreeeで揃えたい〜100名規模
マネーフォワード クラウド経費	マネーフォワード会計・給与と連携	マネーフォワード製品を既に使っている会社

選び方の軸はシンプルで、①今使っている会計ソフトと素直につながるか ②承認フローが自社の決裁ルートを再現できるか ③1ユーザーあたりの月額と最低利用料金の3点です。
 
料金体系は「1ユーザー月数百円型」と「月額固定＋ID課金型」に分かれるため、自社の利用人数で総額を比較してください。

低コストのクラウド会計ソフト freee のサービス詳細 ➡

マネーフォワード クラウドのサービス詳細 ➡

Excel・スプレッドシートの経費精算はいつまで持つ？

「うちはスプレッドシートの精算書で十分」という会社も多いと思います。実際、当サイトでも無料テンプレートを配布しており、少人数のうちはそれで回ります。ただし今回の改正で、手作業の経費精算に「インボイス判定」という新しい列が毎月増えることになりました。
 
目安として、①月の領収書が100枚を超える ②本則課税である ③経理担当が1名しかいない——の2つ以上に当てはまったら、アプリ移行の検討ラインです。判定・照合・区分の工数を時給換算すると、多くの会社で月額利用料を上回ります。

段階	やり方	インボイス対応
〜20名・領収書少	スプレッドシート精算書	人力で番号確認（少額特例も活用）
30名前後〜	クラウド経費精算アプリ	OCR＋自動照合に任せる
100名超・拠点複数	経費精算＋会計・ワークフロー連携	仕訳・申請統制まで一体化

導入費用は補助金で抑えられる？

クラウド経費精算システムは、デジタル化・AI導入補助金の対象ツールとして登録されていれば、導入費用・利用料の一部に補助が受けられる可能性があります。会計・経費・受発注などのバックオフィス系ソフトは、制度上も重点分野に位置づけられてきた領域です。
 
ただし、補助対象となるツール・費目・補助率は年度の公募要領によって変わります。「この製品で申請できるか」「いつの公募回に乗せるか」は最新の公募要領の確認が必要ですので、導入時期の計画とあわせて専門家にご相談ください。
 
当社はデジタル化・AI導入補助金の申請支援を行っており、2026年10月の改正時期から逆算した導入スケジュールのご提案が可能です。

よくある質問

Q. 9月と10月をまたぐ場合、どちらの割合になりますか？

A. 原則として課税仕入れを行った日（商品の引き渡しや役務提供を受けた日）ごとに判定します。9月30日までの分は80%、10月1日以降の分は70%です。9月末の出張の精算が10月に上がってきても、出張日が9月なら80%側で処理します。

Q. 電車代やバス代にもインボイスが必要ですか？

A. 不要です。税込3万円未満の公共交通機関の運賃は、帳簿への記載だけで控除できる特例があります。SuicaなどのICカードチャージの扱いは利用実態によるため、社内では「利用区間と金額を申請に記載する」運用にしておくと安全です。

Q. 少額特例があるので、うちは急がなくてもよいのでは？

A. 前々年度の課税売上高が1億円以下（または前年上半期の課税売上高5,000万円以下）の会社なら、税込1万円未満の仕入れは2029年9月30日まで帳簿のみで控除できます。
 
ただし1万円以上の飲食・備品・外注費は今回の縮小の影響をそのまま受けますし、特例自体も期限付きです。ルール整備は前倒しをおすすめします。

Q. 取引先のフリーランスが未登録のままです。どうすべきですか？

A. 一方的な値下げ要求や取引停止は、下請法・独占禁止法上問題になるおそれがあります。まず経過措置で自社がいくら負担するのかを金額で把握し、そのうえで登録の予定を確認する・発注条件を双方で話し合う、という順番が安全です。
 
個別の判断は税理士等の専門家にご相談ください。

まとめ｜10月までにやることは3つ

要点を整理します。①2026年10月1日から、インボイスのない領収書の消費税は7割しか控除できなくなり、以後5割→3割→0割へ縮小します ②影響を受けるのは本則課税の会社で、損は経費精算の現場で静かに積み上がります ③交通費・出張旅費・1万円未満（少額特例）など、
 
インボイス不要の経費もあるため、全部を弾くルールは不要です。
 
10月までにやることは3つです。（1）自社が本則課税か簡易課税かを確認する（2）社員向けの「経費の3行ルール」を流す（3）領収書の判定・照合・区分を自動化する経費精算アプリの導入を検討する——この順番で進めれば、改正当日に慌てることはありません。
 
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